En el período 2001 a 2005, a partir de las reflexiones que conllevaron a la planificación estratégica de ese periodo, se profundizo la estrategia de enfilar esfuerzos de trabajo a zonas geográficas definidas, seleccionadas a partir de criterios como la pobreza local, la integración territorial (regiones), las necesidades respecto a los temas de trabajo de PROESA y la viabilidad de trabajo con actores locales y otros agentes de desarrollo, procurando fomentar con todo ello intervenciones integrales de trabajo apegadas a procesos de desarrollo local. Sin embargo, también en estos cinco años se realizaron acciones específicas en diferentes lugares del país orientadas a solventar necesidades concretas a partir de la experiencia de PROESA y a solicitud de actores locales u otros agentes de desarrollo. En este periodo las acciones integrales de PROESA se concentraron en cuatro zonas geográficas: los municipios que conforman La Ruta de las Flores (Nahuizalco, Salcoatitán y Juayúa en Sonsonate y Concepción de Ataco y Apaneca en Ahuachapán), los municipios en torno al Cerro de Guazapa (Guazapa en San Salvador y Suchitoto en Cuscatlán), los municipios al norte del departamento de Chalatenango (La Palma y San Ignacio) y los municipios en la zona sur del departamento de La Unión (La Unión y Conchagua). Las acciones específicas desarrolladas por PROESA entre 2001 y 2005, a solicitud de actores locales o por la experiencia particular de la institución (servicios profesionales), se implementaron en los municipios de Ilobasco en Cabañas, San Sebastián en San Vicente, Meanguera en Morazán, San Agustín y Jiquilisco en Usulután. Adicionalmente se abordaron en regiones mancomunadas como la zona de los Nonualcos, que comprende 15 municipios con una notable interrelación histórica: Zacatecoluca, San Luís La Herradura, Olocuilta, El Rosario, San Juan Talpa, Tapalhuaca, San Juan Nonualco, San Luís Talpa, Cuyultitán, San Rafael Obrajuelo, San Pedro Masahuat, San Antonio Masahuat, Santiago Nonualco, y San Pedro Nonualco del departamento de La Paz, y Tecoluca, del departamento de San Vicente; o la zona del complejo Los Volcanes, que incluye los municipios ubicados entre los volcanes Ilamatepec, Izalco y Cerro Verde. También se atendieron esfuerzos regionales como la Mesa de Turismo de Oriente que incluye a representantes de Morazán, La Unión, San Miguel y Usulután. Finalmente, se atendieron solicitudes con alcance nacional o regional de agentes específicos como el Proyecto Fomento al Desarrollo Sostenible mediante el Turismo en Centroamérica –FODESTUR- financiado por GTZ, la Corporación Salvadoreña de Turismo –CORSATUR-, Cámara Salvadoreña de Turismo –CASATUR-, Fundación para la Educación Integral Salvadoreña –FEDISAL-, Cámara Nacional de la Micro y Pequeña Empresa –CONAMYPE-, Instituto Salvadoreño de Transferencia Agraria –ISTA-, Agencia de Cooperación del Gran Ducado de Luxemburgo -LUX DEVELOPMENT-, Informes y Proyectos SA –YNIPSA-, Instituto Libertad y Progreso –ILP.